Sau nhiều năm ban hành, Nghị định số 209/2013/NĐ-CP quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng (“GTGT”) đã bộc lộ nhiều hạn chế. Có thể kể đến việc thiếu các quy định rõ ràng dẫn đến có nhiều cách hiểu khác nhau khi triển khai, gây khó khăn cho doanh nghiệp trong việc tính toán và nộp thuế. Để khắc phục tình trạng này, vào ngày 29 tháng 7 năm 2022, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 49/2022/NĐ-CP (“Nghị định 49”), sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 209/2013/NĐ-CP nhằm mục đích củng cố khung pháp lý về thuế GTGT để phù hợp với tình hình phát triển kinh tế, tạo thuận lợi cho hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp, đặc biệt là trong hoạt động chuyển nhượng bất động sản.

Những trường hợp được khấu trừ giá đất để tính thuế GTGT

1. Trường hợp được Nhà nước giao đất để đầu tư hạ tầng, xây dựng nhà để bán.
2. Trường hợp đấu giá quyền sử dụng đất.
3. Trường hợp thuê đất để xây dựng hạ tầng, xây dựng nhà để bán.
4. Trường hợp cơ sở kinh doanh được chuyển nhượng quyền sử dụng đất từ tổ chức hoặc cá nhân.
5. Trường hợp cơ sở kinh doanh nhận góp vốn bằng quyền sử dụng đất từ tổ chức hoặc cá nhân.
6. Trường hợp cơ sở kinh doanh bất động sản thực hiện theo hình thức xây dựng - chuyển giao (BT) và thanh toán bằng giá trị quyền sử dụng đất.

Do đó, trong khi Nghị định 209/2013/NĐ-CP sử dụng thuật ngữ "chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng", Nghị định 49 lại quy định là "tiền sử dụng đất và tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng”. Thêm vào đó, đối với trường hợp thuê đất để xây dựng cơ sở hạ tầng, xây dựng nhà để bán, Nghị định 49 bổ sung thêm "tiền thuê mặt nước" vào danh sách giá đất được khấu trừ khi tính thuế GTGT.

Một điểm đáng chú ý nữa là theo Nghị định 49, trong trường hợp doanh nghiệp nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất từ tổ chức, cá nhân thì giá đất được khấu trừ khi tính thuế GTGT là giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng và không bao gồm giá trị của cơ sở hạ tầng, trong khi đó, ngược lại theo Nghị định 209 thì có bao gồm luôn cả giá trị cơ sở hạ tầng.

Tóm lại, Nghị định 49 đã mang đến nhiều sự thay đổi đột phá. Những thay đổi này phù hợp với tình hình kinh tế, đảm bảo quyền lợi của người sử dụng đất trong hoạt động chuyển nhượng bất động sản.

Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư

Trước đây, Nghị định 209 không quy định một cách rõ ràng và cụ thể về việc cơ sở kinh doanh có được hoàn thuế thuế đối với dự án đầu tư hay không. Để khắc phục hạn chế này và đảm bảo khung pháp lý về thuế GTGT phù hợp với thực tế, gỡ bỏ khó khăn cho hoạt động sản xuất kinh doanh, đặc biệt trong lĩnh vực chuyển nhượng bất động sản như đã nêu, khoản 3 Điều 1 Nghị định 49 đã sửa đổi, bổ sung quy định về điều kiện để dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh được hoàn thuế, bao gồm:

1. Cơ sở kinh doanh đã đăng ký kinh doanh và đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ.
2. Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đang kinh doanh trong các ngành nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện.
3. Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế GTGT mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo.

Có thể thấy, Nghị định 49 quy định hoàn thuế GTGT áp dụng cho "dự án đầu tư" mới thành lập tại địa bàn cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính (trừ trường hợp dự án đầu tư xây dựng nhà để bán, dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định và một số trường hợp khác không được hoàn thuế). Trước đây, việc hoàn thuế GTGT chỉ áp dụng cho các dự án đầu tư mới ở các tỉnh, thành phố khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính. Quy định mới này sẽ giúp các doanh nghiệp chủ động hơn khi làm việc với các cơ quan Nhà nước.